První zmínka o hrubčickém kostele pochází již z roku 1605. Podle této zprávy byl kostelík toho roku opravován, tak že musel být postaven mnohem dřív. Podle nalezené listiny byl tento kostel roku 1702 opravován.
Teprve později Jan Josef Patilko (od roku 1749 farář v Kralicích) nechal v letech 1755 a 1756 vystavět nový filiální kostel v barokní architektuře za vesnicí a který byl zasvěcen sv. Urbanu.
Kostel stojí za vesnici a kolem něho se rozprostírá hřbitov. Roku 1866 byl tento hřbitov opatřen vpředu železným zábradlím a v roce 1894 byl podstatně rozšířen.
Protože na kostele bylo již nevyhovující klenutí:bylo toto odstraněno. Nové klenuti kostela provedl v roce 1815 zednický mistr Jan Feigerle z Prostějova. Tato oprava si vyžádala náklady ve výši 1 400 zlatých, ale klenuti vydrželo jen do roku 1850.
Po roce 1850 hrozilo klenutí kostela opět sesutím. Obec dokonce přemýšlela na stavbu nového kostela, který by stál uprostřed vesnice. Pro nedostatek peněz z tohoto projektu nakonec sešlo a kostel byl v letech 1855 a 1856 opraven..Na tuto opravu bylo věnováno 5 379 zlatých. Celá oprava,mimo kostelní peníze,stála každého pololáníka 56 rýnských. U malíře Bergra z Nového Jičína byl objednán hlavní obraz sv. Urbana s rámem za 225 zlatých a obrazy sv. Barbory a Navštívení panny Marie bez rámů za 75 zlatých.
V červenci roku 1813 byli Antonínem Hanačíkem ze Zlína postaveny v kostele varhany se šesti hlasy. Tyto varhany byly 25. července 1825 čištěny a laděny a roku 1856 znovu laděny a opraveny. Protože se nacházely ve velmi .špatném stavu,neboť dřevěné píšťaly byly provrtány od červů,byly 14. června 1884 zakoupeny nové varhany z kostelních peněz od Riegrů za cenu 1 200 zlatých.
V roce 1886 byl vnitřek kostela vymalován. Tyto malby provedl malíř Karel Křepelka z Fulneku.
Mimo hlavní oltář jsou v kostele ještě tři poboční oltáře. Ty jsou zasvěceny sv. Barboře, Panně Marii Lourdské a třetí sv. Alžbětě, Zachariáši a sv. Janu Křtiteli.
25. května 1888 byla v kostele vysvěcena socha panny Marie Lourdské,kterou kostelu věnoval neznámý dárce,dobrodinec. Slavnostní řeč pronesl Jan Pussmann,cooperátor kralický. Rolnická záložna zakoupila roku 1900 pro kostel sochy sv. Cyrila a Metoděje až z Grodenu.
21. července 1903 byla z důvodů opravy sundána báně z kostelní věže pokrývačským mistrem Augustinem Kreuzingrem z Prostějova. Bylo v ní nalezeno pouzdro,v němž vedle několika mincí z 18. století uloženy byly tři pamětní listiny,a to z let 1605,1702 a 1755. Tyto listiny byly po opravě vloženy zpět do báně a k nim přibyla i listina z roku 1903.
Všechny tyto tři zvony: Urban /váha 400 liber/,Vavřinec /váha 97 liber/ a Umíráček /váha 57 liber/ byly zrekvírovány státem pro válečné účely 29· září 1916.
Nové zvony ulité zvonařem Winterem v Broumově,nákladem 9 721 korun 62 haléřů, byly 25. listopadu 1922 slavnostně vysvěceny v Kralicích světícím biskupem Dr. Karlem Wiesnarem a 26. listopadu, téhož roku, zavěšeny na věž kostela v Hrubčicích. Na tyto zvony se vybralo v Hrubčicích 5 839 korun a v Otonovicích 830 korun.
Roku 1927 nechali manželé Cyril a Marie Kroupovi z č. 47 svým nákladem instalovat v kostele elektrické osvětlení o 40 žárovkách o opětné vymalování kostela mimo stropu.
V březnu 1934 byla instalována do kostela křížová cesta,kterou namaloval akademický malíř Richard Kaňák z Prostějova. Veškeré náklady byly uhrazeny z nadace manželů Františka a Marie Strouhalových z Hrubčic a ze sbírky mezi občany. V době druhé světové války se v kostele nečekaně objevila socha sv. Václava, jejíž původ si nikdo nedovedl vysvětlit.
Roku 1942 byly z kostelní věže sundány opět zvony,které byly nahrazeny novými po skončeni této války.
V roce 1946 nechala obec svým nákladem opravit poškozený kostel. Opravy si vyžádaly značné náklady,které obec získala ze zemského pomocného fondu. Před kostelem stojí kamenný křiž z roku 1857.
Povolením ze dne 11. listopadu 1775 byl rozmnožen počet mší, které se v kostele v Hrubčicích slouží.